Suomen Kanoottiliitto perustettiin 13.5.1932 Helsingissä. Perustavina seuroina toimivat Helsingin Kanoottiklubi (silloin Helsingfors Kanotklub), Paddlarklubben Canoa, Merimelojat ja eräs toimintansa lopettanut seura. Liiton ensimmäiseksi puheenjohtajaksi valittiin HKK:n Leo Backman. Ennen liiton perustamista oli HKK ollut suomalaisten melojien kanava ulkomaisiin melojapiireihin.
Suomenkieliset maaseutuseurat perustivat "ruotsinkielisten liiton" rinnalle keväällä 1933 Soutajain ja Melojien Liiton. Uuden liiton aktiivisia seuroja olivat mm. Ruoveden Kanoottipurjehtijat, Viipurin Sinimelat, Laatokan Melojat, Suomen Soutajat ja Näsimelojat. Tämän liiton toiminta hiipui talousvaikeuksien seurauksena kevään 1939 aikana ja sen seurat liittyivät Kanoottiliittoon. Tässä vaiheessa Kanoottiliiton jäsenseurojen lukumäärä oli noussut 28:aan ja henkilöjäsenmäärä epätarkkojen tietojen mukaan noin 1800:aan.
Nykyisellään Suomen Kanoottiliito operatiivinen toiminta on siirretty Suomen Melonta- ja soutuliitto Ry:n huomaan. Suomen Melonta- ja soutuliitto aloitti toimintansa 1.1.2012. Kanoottiliiton toiminta jatkuu nykyisin 36 seuran yhteisönä ja se jakaa toimintaa kehittäviä avustuksia.